“十三五”时期，云南省市场监管局紧紧围绕省委、省政府打造世界一流“绿色食品牌”的重大决策部署，以精制茶及茶产品制造业、鲜花制品及制糖业、水果及坚果加工业、蔬菜加工业、咖啡制造业、酒及饮料制造业、保健食品制造业、肉类加工业等为重点，组织开展食品质量提升行动，进一步理顺监管与服务的关系，增强产业的核心竞争力，
助力特色优势产业发展。擦亮普洱茶名片。全面规范茶叶初制所建设，开展茶叶初制所普查，建档管理，鼓励茶叶生产企业采用信息化手段，实行产品源头赋码、标识销售，努力实现全省茶叶初制所“产品原料可溯、产地可查、品质保证、消费放心”的目标。
推动坚果产业发展。进一步规范全省核桃种植和初加工，做好核桃产业市场拓展和精深加工规范化，从食品生产源头，加强核桃产品质量监管，提高市场占有率。
突出重点，确保高风险品种食品安全。组织开展肉制品生产过程管理规范提升行动。在肉制品生产企业普查基础上，推动肉制品生产企业建立健全供应商审核制度和食品安全电子追溯体系，督促企业重点加强原辅料管控和过程管理，推动肉制品中小企业做大做强。
建立健全乳制品生产体系。围绕落实国务院奶业振兴工作部署，重点督促乳制品企业提升自主研发能力、建立自建自控奶源、严格生产过程控制、加强冷链储运管控、严格产品出厂检验、建立实施HACCP体系和乳制品追溯体系。同时，对长期停产后不再恢复生产的乳制品企业进行清理，注销相关证照，乳制品质量安全总体水平得到极大提升。
推动“互联网＋食品安全”智慧监管。创新监管方式，加大监管力度，整合搭建食品安全综合监管平台，运用食品生产、销售、餐饮服务日常监管系统，通过数据平台记录、汇总、分析实行信息化管理，完成食品生产日常监督检查、专项检查、飞行检查、风险等级管理、食品安全管理人员在线考试、从业人员管理、食品生产者自查报告等相关信息填报，逐步实现全省食品安全智慧监管。
进一步健全食品安全地方标准体系。充分发挥食品安全标准推动食品产业发展的强大作用，推动云南特色食品产业健康发展。参与完成《云南省食品安全地方标准松茸及其制品》《云南省食品安全地方标准紫皮石斛》《云南省食品安全地方标准干制三七花》等地方标准的制定，推动半合成法辅酶Q10进入国家保健食品备案原料目录，开辟了烟草废弃物综合利用前景。